Beberapa kasus yang Komnas HAM RI tangani, diantaranya: 1. penyiksaan berujung kematian tahanan bernama Herman di Polres Kota (Polresta) Balikpapan. Komnas HAM RI mengirim surat kepada Kapolda Kalimantan Timur untuk meminta keterangan dan mendorong penegakan hukum serta pemulihan korban. Kapolda Kalimantan Timur merespons surat tersebut dengan mendatangi Komnas HAM RI guna memberikan informasi tentang langkah-langkah penanganan kasus. Hasilnya, proses penyelidikan etik dan pidana telah dilakukan Polda Kalimantan Timur; 2. kekerasan terhadap jurnalis TEMPO, Nurhadi, oleh sejumlah orang pada Maret 2021. Komnas HAM RI mendorong penanganan perkara yang adil oleh Polda Jawa Timur dan direspons dengan penetapan tersangka dan pelimpahan berkas perkara kepada Kejagung RI; 3. menindaklanjuti kasus kematian Pendeta Yeremia Zanambani di Distrik Hitadipa, Kabupaten Intan Jaya, Papua yang telah Komnas HAM RI tangani sejak 2020. Komnas HAM RI menghadiri ekshumasi jenazah korban pada Juni 2021; 4. kematian empat anggota FPI di Karawang, di mana rekomendasi Komnas HAM RI ditindaklanjuti oleh Polri melalui penetapan tersangka dan kehadiran Komnas HAM RI sebagai saksi di persidangan; 5. menangani konflik bersenjata antara Mujahiddin Indonesia Timur (MIT) dan aparat keamanan dengan membangun komunikasi dengan kepolisian, membentuk jejaring dengan tokoh-tokoh MIT di Poso, dan memberikan rekomendasi ke Pemda Sulawesi Tengah; 30 6. menangani kasus kekerasan terhadap Yasmin Bali, jurnalis media daring malukunews.com, di Kabupaten Seram Bagian Barat (SBB), Maluku, yang diduga dilakukan oleh orang yang memiliki kedekatan dengan Bupati SBB. Pemkab SBB telah memberikan keterangan terkait kronologi kejadian kepada Komnas HAM RI, dan, pada 19 Mei 2021, Kepala Bagian (Kabag) Hukum dan Kerja Sama Sekretariat Daerah (Setda) SBB bahkan memberikan klarifikasi tambahan. Saat ini, proses hukum sedang berlangsung; 7. dugaan penyiksaan terhadap warga sipil disabilitas bernama Steven oleh dua anggota Pangkalan TNI Angkatan Udara (Lanud) J.A. Dimara pada 26 Juli 2021 di Merauke. Kin, kedua pelaku telah diadili melalui mekanisme peradilan militer; dan 8. penyerangan Komando Rayon Militer (Koramil) Persiapan Aifat Selatan oleh KKB di Kampung Kisor, Distrik Aifat Selatan, Kabupaten Maybrat Papua Barat pada 2 September 2021. Pemda Maybrat mengadopsi rekomendasi Komnas HAM RI yang mendesak penyediaan makanan dan minuman bagi pengungsi, alat tulis dan seragam sekolah bagi pengungsi yang duduk di bangku SD dan SMP, akses untuk mengikuti proses belajar di sekolah-sekolah yang terletak di sekitar area pengungsian, dan program pemulihan mental. Pangdam XVIII/Kasuari pun menyetujui desakan Komnas HAM RI untuk menarik pasukan, mengurangi aktivitas penyisiran, dan membuka portal-portal di sekitar Distrik Aifat agar pengungsi dapat kembali ke rumah masing-masing. Laporan Tahunan Komnas HAM RI 2021 | Sinergi & Kolaborasi untuk Pemajuan & Penegakan HAM