Celakanya, sektor pertanian, UMKM, dan koperasi secara sistematis sengaja ditinggalkan dalam MP3EI karena fokus pembangunan infrastruktur diorientasikan ke sektor lain dan pelaku ekonomi yang dilirik pun adalah pemodal besar seperti BUMN, BUMD, dan swasta besar (Yustika, 2011). Menurut Ahmad Erani Yustika (2013), MP3EI kurang memiliki relevansi dengan kebutuhan pembangunan saat ini. Alasannya, MP3EI kurang memberikan perhatian pada penguatan struktur dan pelaku ekonomi domestik seperti koperasi, UMKM, dan lain-lain (Yustika, 2013). Sejumlah kasus-kasus pun mencuat terkait proyek-proyek MP3EI seperti kasus Weda Bay dan Merauke Integrated Food and Energy Estate (MIFEE). Dalam kasus Weda Bay, Laporan Sementara Non-Judicial Human Rights Redress Mechanisms Project (2013) menemukan beberapa hal penting, yakni (i) komunitas suku Sawai dan Tobelo Dalam yang terkena dampak dari proyek PT Weda Bay Nickel sampai saat ini belum diberikan hak atas konsultasi atau hak atas persetujuan terlebih dahulu yang sungguh-sungguh, tanpa paksaan dan disertai dengan penyediaan informasi yang cukup, sebagaimana diwajibkan dalam standar hak asasi manusia internasional dan standar IFC; (ii) ganti rugi yang telah ditawarkan kepada komunitas untuk membebaskan hak atas tanah tidak layak dan tidak sesuai dengan norma-norma internasional; (iii) komunitas terdampak tersebut belum mempunyai akses yang memadai terhadap mekanisme pengaduan yudisial maupun non-yudisial berkaitan dengan keluhan mereka; dan (iv) hak-hak ulayat mereka atas tanah adat kurang dihormati. Terkait dengan kasus MIFEE, Maria SW Sumardjono, Guru Besar Hukum Agraria Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada, menyebutkan bahwa proyek MIFEE berbenturan dengan kepentingan sosial ekonomi masyarakat hukum adat (MHA) dalam tiga hal (Kompas, 27/09/2013). Pertama, hilangnya sumber kehidupan masyarakat hukum adat (MHA), di samping tingkat pendidikan yang rendah dan tiadanya keterampilan 8 Kajian MP3EI dalam Perspektif Hak Asasi Manusia