sistem hukum nasional yang menjamin tegaknya supremasi hukum dan hak asasi
manusia berlandaskan keadilan dan kebenaran” (TAP MPR IV/1999). Setahun
kemudian, MPR mengeluarkan Ketetapan tentang Pemantapan Persatuan dan
Kesatuan Nasional (TAP MPR V/2000) yang mengakui terjadinya pelanggaran dan
menetapkan pembentukan sebuah Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR)
dengan mandat mengungkap kasus-kasus penyalahgunaan kekuasaan, menyelidiki
pelanggaran HAM masa lampau, dan melaksanakan program rekonsiliasi.
Pada 2001, ditengah penggodokan draft RUU KKR di Pemerintah, DPR dan
Pemerintah menjanjikan kepada rakyat Papua bahwa Negara akan mempertanggungjawabkan berbagai bentuk pelanggaran HAM di Papua melalui dua instrumen
yaitu Pengadilan HAM dan KKR. Janji itu dituangkan dalam Undang-Undang
Nomor 21 tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua. KKR dijanjikan oleh DPR
dan Pemerintah sebagai jalan untuk menjaga keutuhan bangsa di Papua, yang
saat itu sangat terancam. Pasal 44 UU Otonomi Khusus menyatakan KKR dilakukan
untuk “melakukan klarifikasi sejarah dan merumuskan serta menetapkan
langkah-langkah rekonsiliasi” dalam rangka menjaga persatuan bangsa. Artinya
DPR dan Pemerintah telah berjanji kepada rakyat Papua bahwa KKR akan dibentuk.
Pada 2003, pembahasan RUU KKR mulai berjalan di DPR. Draft RUU KKR diajukan
Pemerintah ke DPR untuk dibahas pada tanggal 26 Mei 2003. Pembahasan
DPR ini dilakukan dengan membentuk Panitia Khusus (Pansus) yang terdiri dari
50 orang dari lintas fraksi. Pembahasan RUU KKR memakan waktu lebih dari satu
setengah tahun sebelum akhirnya disahkan menjadi UU. Lamanya pembahasan
ini karena terdapat proses Rapat Dengar Pendapat Umum (RDPU) yang mengundang
lebih dari 50 kelompok dan individu untuk memberikan pandangan tentang
KKR.
Pada 2004, DPR mengesahkan undang-undang yang cukup penting dalam
proses pengungkapan kebenaran, yaitu Undang-Undang Nomor 27 Tahun 2004
tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi. Undang-undang tersebut memandatkan pembentukan KKR dalam waktu 6 bulan setelah UU disahkan. Namun,
sampai beberapa tahun kemudian, KKR tidak kunjung dibentuk. Pada 2005
presiden baru berhasil membentuk panel seleksi yang bertugas mengajukan
nama-nama calon komisioner kepada presiden. Hingga pada awal 2006,
sekelompok organisasi masyarakat sipil dan perwakilan korban mengajukan
judicial review atas beberapa ketentuan dari UU tersebut ke Mahkamah Konstitusi
(MK). Gugatan ini mempertanyakan sejumlah ketentuan dalam UU KKR yang
Laporan Tahunan 2015 / Komisi Nasional Hak Asasi Manusia
53