Pembahasan ini kemudian menghasilkan naskah resmi tentang kelembagaan ini. Konsep penyelesaian sengketa agraria yang ditawarkan ini selain mengacu kepada pengalaman Indonesia di masa lalu dalam menyelesaikan konflik agraria, juga pelajaran yang dilakukan negara lain khususnya Afrika Selatan. Afrika Selatan dipilih karena mempunyai pengalaman dalam menyelesaikan masalah agraria di masalalu semasa rezim apartheid. Negara ini dipandang berhasil dalam menyelesaikan aneka persoalan mendalam di masa lalu, rekonsiliasi, meninggalkan tatanan lama menuju tatanan baru yang demokratis. Situasi tersebut, tidak berbeda jauh dengan suasana reformasi yang tengah dialami oleh bangsa Indonesia. Kemudian, tawaran kelembagaan ini secara langsung disampaikan oleh Komnas HAM RI -RI kepada Presiden Megawati. Secara garis besar, usulan Komnas HAM RI tentang KNUPKA adalah sebuah lembaga yang menangani konflik-konflik agraria dan mempersiapkan pelaksanaan pembaruan agraria di Indonesia, KNuPKA sendiri berwenang untuk: a. Mendaftar, memverifikasi dan memberkas kasus-kasus konflik agraria yang diadukan oleh kelompok masyarakan secara kolektif; b. Membuat dan menyampaikan rekomendasi penyelesaian kasus-kasus konflik agraria tersebut kepada para pihak yang terlibat di dalam konflik; c. Memfasilitasi penyelesaian konflik melalui mediasi, negosiasi dan arbitrasi; d. Menyusun rancangan peraturan perundang-undangan dan kelembagaan untuk penyelesaian konflik agraria dan pelaksanaan pembaruan agraria; e. Melakukan sosialisasi, koordinasi dan kerjasama dengan badan-badan pemerintah maupun non-pemerintah dalam rangka pencapaian tujuan Komisi. Sedangkan jenis-jenis kegiatan KNuPKA adalah: 1. Menyebarluaskan gagasan, prinsip-prinsip, dan tatacara penyelesaian konflik agraria yang berkeadilan dan dalam rangka menjalankan pembaruan agraria; 2. Menyusun prosedur pendaftaran tuntutan dan verifikasinya, serta metode-metode penyelesaian konflik yang tepat; 3. Melakukan pendataan terhadap konflik-konflik agraria yang terjadi selama ini; 4. Menerima pendaftaran dan memverifikasi tuntutan-tuntutan kelompok masyarakat untuk penyelesaian konflik agraria yang dialaminya; 5. Mengupayakan penyelesaian sengketa/konflik dengan cara alternatif (alternative dispute resolution), mediasi, negosiasi, arbitrase, dan/atau mengeluarkan rekomendasi penyelesaian atas sengketa/konflik tersebut; 6. Melakukan tinjauan ke lapangan untuk proses verifikasi maupun dalam rangka penyelesaian sengketa dengan cara alternatif; 7. Menyusun naskah Rancangan Undang-undang Penyelesaian Konflik Agraria yang di dalamnya terkandung muatan tentang pembentukan Pengadilan Khusus Agraria dan